İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından hazırlanan Balyoz darbe planı iddianamesinde hakkında takipsizlik kararı verilen Bertan Nogaylaroğlu, Donanma Komutanlığı’nda yapılan aramalarda çıkan hakkındaki yeni iddialar üzerine ordudan istifa etti. 2009 yılında tümgeneralliğe terfi eden ve bu rütbede 3 yıl daha görev süresi bulunan Nogaylaroğlu, Genelkurmay Başkanlığı’nda önemli bir makam olan Dış İlişkiler ve Güvenlik İşleri Daire Başkanlığı’nı yürütüyordu.
Cumhuriyet'in haberine göre; Donanma Komutanlığı’nda ortaya çıkan ve Balyoz iddianamesinde yer alan Oraj Planı ile ilgili belgelerde, Nogaylaroğlu’nun ismine imzaya açılmış, “Oraj Hava Harekât Planı: Komutana Karşı Yapılacak Psikolojik Harekât Ve Komutana Destek Verebilecek Personele Uygulanacak Usuller” başlıklı bir yazı bulunduğu ileri sürülüyor. Bu yazıda dönemin Hava Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Cumhur Asparuk ve ailesine karşı yürütülecek faaliyetler ve alınması gereken tedbirler sıralanıyordu. Yazıya göre “Harp Akademileri Komutanlığı’nda yapılan hazırlıkların, Hava Kuvvetleri Komutanı tarafından öğrenilmesinin engellenmesi, öğrenilmesi durumunda çalışmaların jenerik harp oyununa yönelik hazırlıklar olduğu bildirilecek ve bu konu ivedilikle özel kurye aracılığı ile Harp Akademileri Komutanı’na iletilecekti”. Yazının devamı ek klasörlere şöyle girdi: