Aslen Trabzonlu olan Mustafa Günaydın, 1971 yılında İstanbul Bayrampaşa'da dünyaya geldi. 

Nişantaşı Üniversitesi İç Mimarlık, Anadolu Üniversitesi Sosyoloji bölümlerinden mezun olan Günaydın, Uluslararası İlişkiler ve Siyaset Bilimi dalında yüksek lisans eğitimini tamamladı.

Günaydın, 1957 yılında kurulan tekstil ve inşaat firmasının ikinci kuşak temsilcisi olup firmanın yönetim kurulu başkanlığı görevini yürütüyor. 

Beylikdüzü ve İBB Meclis Üyeliği görevlerini ifa eden Günaydın, 1 Şubat 2021'de yapılan Beylikdüzü 4. Olağan Kongresinde AK Parti Beylikdüzü İlçe Başkanı görevine seçildi.

Günaydın, evli ve 3 çocuk babası.