Murat Aygen 1956 yılında Elazığ'da doğdu. İlk orta ve lise eğitimini Elazığ'da tamamlayan Aygen, Fırat Üniversitesi Eğitim Fakültesi Mikrobiyoloji Bölümünden mezun oldu.
1984 yılında Muş Sağlık Meslek Lisesi'nde öğretmen olarak göreve başlayan Aygen, farklı okullarda öğretmen ve idareci olarak görev yaptı.
Yüksek lisans ve doktora eğitiminden sonra Fırat Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Kentleşme ve Çevre Anabilim Dalı Öğretim Üyesi olarak atanan Aygen, daha sonra siyaset bilimi alanında doçent unvanını aldı.