G.I. JOE ekibi, Mısır çöllerinden, kutup buzullarının altındaki sulara varana kadar her yerde en yüksek teknolojileri, gelişmiş casusluk ve askeri ekipmanları kullanarak, yozlaşmış silah satıcısı Destro ile, gizemli Cobra örgütünün dünyayı kaosa sürüklemesine engel olmaya çalışıyor.